香港民間保釣人士登上釣魚島的消息傳至臺灣，震驚島內“國安”高層，引發藍綠陣營口水戰，臺灣網友也埋怨馬當局軟弱，不過在得知香港保釣船行至釣魚島過程中，臺灣曾經三度補送給養，這才覺得保釣行動臺灣沒有完全缺席。

　　據臺灣《中國時報》16日報道，香港保釣船“啟豐二號”14日中午原本要到臺中港補給食物，臺中海巡隊出動巡防艇前往檢查，發現該船并未向臺方申請許可，依法應予以強制驅離。保釣船提出補給淡水需求，臺方基于人道立場，派2037號巡防艇補給該船200公升自來水后，臺中海巡隊四艘巡防艇就將其強制驅離到臺灣北部海域。“啟豐二號”先后經過桃園、淡水海域，14日晚7時在淡水竹圍附近求助，表示船上補給不足，希望臺“海巡署”提供糧食、礦泉水等。當晚11時40分左右，淡水海巡隊巡防艇在淡水外海，派員登上“啟豐二號”，確認船上14人身體狀況良好、油料無缺，依需求交付冷凍豬肉、雞排、雞肉、白米、蔬果、罐頭及飲水等，隨后便離去。15日凌晨2時，在基隆八斗子外海，臺灣的海巡人員又將一批物品送到“啟豐二號”上面，并派船隨行掌握，一直到15日上午11時，在彭佳嶼12海里處解除監控。

　　報道稱，香港保釣人士成功登上釣魚島插旗，讓臺灣“府院”、“國安”高層一片震驚，也讓臺灣當局尷尬萬分。臺灣的“國安”系統原先評估，“啟豐二號”只是在釣魚島周邊海域巡航，完成一次例行性的保釣運動后離開，沒有想到港船這次卻借噸位優勢，成功突破日方封鎖。報道說，因應釣魚島最新情勢，馬英九曾下令“國安會”成立應變小組。據說，臺灣當局最高指導原則是“兩岸保釣脫鉤”，雖主動給“啟豐二號”提供食物與飲水的補給需求，但事前曾通過各方管道勸阻，并確認臺方保釣船不出海，避免形成兩岸聯手保釣的印象。《中國時報》的分析認為，馬英九日前提出東海和平倡議，就是要擱置爭議，問題是，這次港船登島插旗升高中日對峙、讓東海局勢更趨復雜，臺“國安”系統更擔心島內民粹力量驟升，迫使馬英九采取更強硬的保釣措施。

　　香港保釣人士登上釣魚島也引發臺灣網友熱議。許多人不滿馬當局口口聲聲“釣魚臺（大陸稱釣魚島）主權一寸都不能讓”，結果“保釣輸人”。有網友問：“馬英九難道不出來抗議一下嗎？”還有網友建議馬英九學習李明博，登一下釣魚島。

　　據臺灣“中央社”報道，面對輿論壓力，臺灣“外交部”發言人夏季昌16日重申不會與大陸聯手保釣，先前給予香港保釣船相關的援助是基于人道立場。日方逮捕保釣人士，對區域情勢和平穩定沒幫助，應盡速釋放。對于臺“外交部”的表態，民進黨“立法院”黨團總召集人柯建銘，民進黨“立委”李俊俋等人表示，臺“外交部”要求日方放人非常怪異，恐怕會破壞《美日安保條約》在東亞奠下的和平基石，應避免造成臺灣、大陸聯手對抗日本的情況。

　　另外，在報道登島事件時，一些大陸媒體處理“青天白日滿地紅”旗幟的方法以及島內媒體刊登五星紅旗飄紅的情況也引起臺灣媒體的關注。臺灣“中廣新聞網”16日的報道說，“這種情況的出現也同時造成兩岸當局的尷尬”。