2007年3月，中國國家博物館水下考古研究中心聯合海南省文物局，對華光礁一號沉船遺址進行了全面的大規模考古發掘。發掘期間，對華光礁、北礁、玉琢礁海域還做了水下考古調查，在華光礁、北礁各發現2處水下遺存。2008年12月，在對華光礁一號沉船遺址第二次發掘期間，又發現1處水下鐵炮遺存，共有4門，打撈其中1門。
2009年5月，中國國家博物館水下考古研究中心與海南省文物局合作，開展了西沙群島海域文物普查工作，對永興島、東島、浪花礁、玉琢礁、七連嶼一帶海域進行了水下考古調查，發現了11處水下文化遺存。
2010年4-5月，中國國家博物館再次組織西沙群島水下考古調查項目，繼2009年西沙群島海域宣德群島之后再次開展大規模水下考古調查工作，此次調查主要在永樂群島進行，包括華光礁、北礁、盤石嶼、銀嶼、石嶼、珊瑚島等島礁，還調查了宣德群島的趙述島、浪花礁。該年度調查了42處水下文化遺存，新發現遺址32處，取得了豐碩成果。其中，北礁海域調查的27處遺址中，新發現地點達19處，包括3處沉船遺址和15處水下遺物點。調查工作中，還進行了出水文物的初步保護與整理，規范了各類遺跡、遺物的記錄，這既保證了水下考古工作的科學性與規范性，又加深了對所發現遺存的認識。此次調查的42處水下遺存，其時代跨度大，涵蓋了北宋至清代各個時期，以北宋晚期至南宋早期、元代、明代中期、明代晚期、清代中晚期幾個階段的遺存尤為集中。在這些水下遺址中，發現并出水了一大批瓷器、碇石、石建筑構件、銅錢等各類遺物標本。例如，北礁19號水下遺存，采集到“皇宋通寶”、“熙寧重寶”、“元豐通寶”、“崇寧重寶”、“洪武通寶”、“永樂通寶”等銘文銅錢數枚。尤為重要的是，石嶼二號沉船遺址發現的元代青花瓷器，這是我國水下考古工作中首次發現元青花，彌足珍貴。
2011年4月下旬至5月下旬、2012年4月至5月，為保護西沙水下文化遺產，中國國家博物館與海南省文物局、海南省西南中沙群島辦事處合作，組成西沙群島水下文化遺產執法巡查工作隊，開展了西沙群島海域水下文化遺產保護狀況巡查和文物執法督查工作期間，對華光礁、盤石嶼、玉琢礁、石嶼、銀嶼、七連嶼、北礁等海域的水下文化遺存保護狀況進行水下考古調查與執法巡查工作。巡查中所見水下文化遺存，大部分遭到不同程度的盜掘，如盤石嶼一號、二號沉船遺址，石嶼二號、三號沉船遺址，銀嶼發現的沉船遺址和遺物點，盜掘現象十分嚴重，中心區域多數被盜掘一空，令人痛惜。
這些重要發現，對該海域水下文化遺存現狀有了明確的認識，為探討宋代以來海上絲綢之路興衰及其航線、古代航海技術、外銷商品種類等問題提供了豐富而又重要的實物資料。
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